医薬品管理業務とは、病院内で使用される全ての医薬品の購入（内用薬、外用薬、注射薬など）から，在庫，院内各部署への供給、そしてその品質管理を行う業務を総称していいます。特に、品質面の管理（温度，湿度，光など）には万全を期していますから、薬品管理業務は病院薬剤師の重要な業務の一つになっています。
購入管理は、必要な医薬品を、納入業者（薬問屋）から購入し、納品に際しては検収作業を行います。薬品名、包装単位などの確認はもちろん、有効・使用期限がどの程度残っているのかなどもチェックして記録しています。
在庫管理は、必要な時には十分在庫されてかつ、多過ぎると品質が低下する可能性があるので、適度な在庫量となるよう配慮しています。多くの病院においてコンピューターで在庫管理をしていますが、まだ薬剤師の経験に頼る部分も多くあります。
病院で使用される薬は用途の面から、調剤用・処置用・消毒用・検査診断用・血液類などに大別されます。また，麻薬，覚せい剤原料，向精神薬などの法的な管理も実施しています。
供給管理は、病棟や外来診療科などに、必要な医薬品を払い出します。この場合でも多くなり過ぎないように注意しています。薬剤師が入院患者さんに使用される注射薬を、各患者さん毎のカートや袋などにセットして供給している病院も増加しています。
品質管理は、倉庫内における温度、光度、湿度などを適切に管理し、品質の確保には十分に配慮しています。また、病棟や外来診療科などに供給した医薬品に関しても、十分に品質が確保されるよう注意しています。
病院薬剤師の薬品管理業務は、医師が処方する医薬品を患者さんが適正に使用できるようにする業務です。