４年制の薬学部は大学によっては残ります。両方とも薬学部ですが、６年制が薬学科で４年制が薬科学科になります。
一般的には４年制は研究者養成、６年制は薬剤師養成と言われています。
つまり、薬剤師になりたいのであれば６年制の大学に行きます。
４年制の薬科大学の入学の目的は、厚生労働省等の国家公務員第一種になることだと言われます。悪くても研究所の研究員や大学の助手から将来は大学教授と言う道を歩みたいというわけです。
４年制で研究者になろうと思っていたら、学生を研究室に長時間拘束して労働力として使われることを覚悟した方がいいです。かつ４年制に進んでも研究職に就ける保証はありません。
上位大学の薬学部からでも研究職は就きたい人は多くて狭い門です。研究職に就けるのは旧帝大でも学年の４０％もいないと言われていて、製薬企業の研究・開発の仕事をしたりします。これまでは薬剤師になれたので、病院・薬局の薬剤師になる人もいます。
ただし、６年制が主流になりますから、これからは４年制を出て薬剤師になることはあまりお勧めしません。卒業後、大学院で2年間学んだほかに、薬剤師国家試験に必要な単位（科目）の修得、共用試験の受験と実習などを満たしなければなりません。大学院の研究活動と受験に必要な科目を履修することは難しいと考えられるため、薬剤師国家試験の受験資格を得るには、最低でも7年間が必要といわれています。
平成20年4月の資料を見ると、４年制を東北薬科大学、城西大学、千葉科学大学、慶應義塾大学、東京理科大学、星薬科大学、明治薬科大学、近畿大学、武庫川女子大学、徳島文理大学香川薬学部、九州保健福祉大学がありますが、全部で500名の募集に過ぎません。6年制は、10,934名の募集です。
また、以下の大学は入学定員割れをしています。
大学名 入学者数 倍率
九州保健福祉大学 21名 70%
徳島文理大学香川薬学部 2名 10%
武庫川女子大学 29名 73%
千葉科学大学 45名 56%
東北薬科大学 42名 84%
ちなみに、旧４年制の薬学部卒業に人のためには、平成２９年まで経過処置があります。